Après s'être remis de leurs blessures, King K. Rool et sa bande décident de se venger de l'humiliation que Donkey Kong leur a fait subir. K. Rool et ses sbires retournent donc sur l'île de Donkey Kong pour enlever, non pas les bananes, mais Donkey Kong en personne. Diddy, apprenant la mauvaise nouvelle, part à la recherche de son pote accompagné de la charmante Dixie. Heureusement pour vous, les membres de la famille Kong n'hésiteront pas à vous venir en aide.