L'histoire se déroule en 2004. Sam Fisher un ancien commando de marine de l'US Navy SEALS devenu agent d'élite d'Echelon 3, une entité secrète de la NSA. Hyper-entraîné dans l'art du déplacement furtif, de l'infiltration et de l'utilisation des technologies de la guerre de l'information, il sait se glisser d'une zone d'ombre à l'autre afin de réaliser les objectifs qui lui ont été assignés (collecte de renseignements, sabotage...), tout en se méfiant des gardes qui n'hésiteront pas à l'abattre s'il n'est pas assez discret pour se faufiler derrière eux sans être vu.

Son but premier est d'empêcher une troisième guerre mondiale entre les États-Unis et la Chine. Pour cela, il devra opérer en Géorgie, en Chine et sur le sol américain. Ses objectifs seront variés, de l'enlèvement à l'espionnage, en passant par le sauvetage d'alliés.