De méchants Mojas ont envahi une petite planète paisible.

Loco Roco est une forme vivante patatoïde, dont il existe plusieurs couleurs à la manière des Barpapapas et qui s'aventure dans différents paysages afin de récupérer des bonus à la manière de Sonic. Toutes les caractéristiques de ce personnage se retrouvent dans le jeu Gish de Chronic Logic.

Le ballon (le Loco Roco) roule sur les décors et différents éléments organiques aux propriétés physiques diverses : durs, mous, collants ou glissants, que le joueur fait pencher à gauche ou à droite à l'aide des boutons L et R de la PSP.

Lorsque le personnage mange certaines fleurs, il grossit. Lorsque Loco Roco est trop gros pour passer à certains endroits, il est possible de le séparer en autant de petits ballons qu'il a mangé de fleurs en appuyant une fois rapidement sur la touche Rond, via un éclair. Il est ensuite possible de le réassembler avec le bouton Rond en appuyant suffisamment longtemps pour que tous les Loco Roco se rassemblent à nouvea