Le monde n'était au départ qu'un océan infini au milieu duquel, durant des siècles, les titans Bionis et Mekonis, d'une taille de plusieurs centaines de kilomètres, s'affrontèrent sans relâche à coups d'épée jusqu'à finalement s'éteindre debout, liés à jamais à l'endroit où leurs épées se sont entrechoquées pour la dernière fois. Les deux colosses se sont fossilisés et ont peu à peu accueilli la vie. Sur le géant de pierre Bionis apparurent les Homz, tandis que sur Mékonis, le colosse de métal, apparurent les Mékons, robots mus par une volonté inconnue. Un an avant le début de l'aventure, Dunban, combattant expérimenté, met un terme à la guerre provoquée par une incursion de Mékons lors de la « Bataille de la Vallée de l'Epée », grâce à son épée Monado. Le joueur dirige Shulk, jeune bricoleur de la Colonie 9 fasciné par les pouvoirs de la Monado.