Link a accès à quelques nouveaux pouvoirs comme celui de se transformer en loup, ce qui lui permet d'affiner son odorat et de voir l'imperceptible. Quand il est dans cet état, il peut communiquer avec des animaux non-humains, se téléporter d'une zone à une autre ou téléporter des objets comme des ponts, des rochers… Link est secondé par une « jeune fille » mystérieuse du nom de Midona. Des nouveaux contrôles et modes de combats sont disponibles, comme par exemple la possibilité d'utiliser l'épée à cheval ou en courant ainsi que l'apprentissage par un chevalier mort, de bottes secrètes pour le combat à l'épée. On remarque aussi le retour de certains objets précédemment tombés dans l'oubli (comme la lampe à huile, de l'opus The Legend of Zelda : A Link to the Past et les flèches-bombes, que l'on obtenait en combinant les bombes et les flèches dans l'opus The Legend of Zelda : Link's Awakening . On notera également la présence de l'aérouage, une arme obtenue dans la tour du jugement et qui reste à ce jour exclusive à cet opus.