Dans Mystic Quest, le monde est régi par l'arbre Mana qui vit en symbiose avec la faune, la flore et les humains. Si l'arbre est pur, l'harmonie est respectée, s'il ne l'est pas toutes les formes de vie qui en dépendent se meurent et les humains succombent à la folie. Le Roi Noir, dirigeant de l'empire de Glaive, veut s'emparer de l'arbre mystique afin se saisir de son pouvoir. Mais un de ses esclaves, le héros, va se dresser contre le Roi tyrannique sur demande de Willy, son ami mourant. Il part donc en quête du rétablissement et de la défense de l'arbre Mana contre les assauts de l'empire. 

Le nom du jeu au Japon est Seiken Densetsu: Final Fantasy Gaiden et aux Etats-Unis Final Fantasy Adventure. Il a été réédité sur téléphone portable en 2006 exclusivement au Japon.