Dans Sword Of Mana, le monde est régi par l'arbre Mana qui vit en symbiose avec la faune, la flore et les humains. Si l'arbre est pur, l'harmonie est respectée, s'il ne l'est pas toutes les formes de vie qui en dépendent se meurent et les humains succombent à la folie. Le Roi Noir, dirigeant de l'empire de Glaive, veut s'emparer de l'arbre mystique afin se saisir de son pouvoir. Mais un de ses esclaves, le héros, va se dresser contre le Roi tyrannique sur demande de Willy, son ami mourant. Il part donc en quête du rétablissement et de la défense de l'arbre Mana contre les assauts de l'empire. 

Le titre est un remake de Mystic Quest sorti sur GameBoy en 1991. Il est édité par Square-Enix au Japon et Nintendo en Occident.