Jeu sorti sur PS3 et Xbox 360, avec un gameplay alternant entre phases de plate-formes, hack 'n' slash et shoot 'em up, NIER prend place dans un futur fictif où les ombres, des créatures sombres et sauvages, s'attaquent de plus en plus fréquemment à l'humanité. Les ombres ne sont pas la seule menace, il y a également la nécrose runique, cette étrange maladie mortelle qui ronge les gens sans prévenir et sans remède. C'est également cette maladie qui s'est attaquée à Yonah, la fille du héros... Il bravera alors tous les dangers pour la sauver.