LEGO Marvel Super Heroes propose de vivre une aventure à travers l’univers Marvel tout entier. Les joueurs peuvent incarner Iron Man, Spider-Man, Hulk, Captain America, Wolverine et bien d’autres personnages Marvel, unis pour empêcher Loki et une horde d’autres super-vilains Marvel de créer une arme surpuissante capable de détruire le monde. Les joueurs devront partir à la recherche des briques cosmiques à travers LEGO Manhattan et visiter des lieux emblématiques de l’univers Marvel, comme la Tour Stark, l'Astéroïde M, une base Hydra abandonnée et le Manoir X.