Une ancienne légende conte qu'aux origines de la Terre, se livrai un combat titanesque entre deux pokémons légendaires : Kyogre gardien des mers créa les océans et Groudon gardien de la terre érigea les continents. Le cataclysme prit fin par le pouvoirs de deux orbes, plongeant les géants dans un profond sommeil. Mais que se passera-t-il si ces pouvoirs étaient soudaines réveillées et contrôlés a des fins machiavéliques ? Le monde courrai à sa perte... Rajoutant une nouvelle génération comptant 124 nouveaux pokémons, ce troisième volet vous fait évoluer sous les traits d'un ou d'une jeune dresseur/dresseuse sur l'île d'Hoen avec la mission de compléter une encyclopédie électronique concernant les pokémons, nommée Pokédex, en les attrapant toutes. Mais cette mission pourrai bien vous mêler à d'autres affaires plus sombres... Ajoutant le combat type double (2 Vs 2), la plantation de baies, la météo et bien d'autres innovation, attrapez, entraînez votre équipe, devenez maître pokémon et levez le voile sur la légende d'Hoen !