Le déplacement de Link s'opère de la même façon que le précédent opus Phantom Hourglass, l'écran tactile servant à indiquer où l'on souhaite aller. Donner des petits coups avec le stylet permet à Link de frapper avec son épée ou d'utiliser divers objets. Le micro est utilisé plus souvent que dans l'opus précédent et obtient plus de fonctionnalités.

Les nouveautés de cet opus résident dans la capacité de jouer avec deux personnages en simultané, ainsi Link sera constamment aidé d'un spectre dans les donjons. Il servira à accomplir certaines tâches qui demandent de la force ou de la résistance, comme passer à travers des flammes, combattre, attirer l'attention et transporter dans la lave.

On retrouve certains objets d'anciens Zelda tel que les inévitables arc, bombes et boomerang, mais aussi certains nouveaux objets comme le fouet (qui se comporte un peu comme le grappin dans d'autres opus de la série) et de nouveaux objets des dieux, comme l'épée Lokomo et l'arc de lumière.

Dernière nouveauté mise en avant par Nintendo : les trajets entre les différents lieux de Spirit Tracks. Link ne déplace plus en mer avec un bateau, mais sur rails avec un train à vapeur. Il est possible d'interagir avec celui-ci, on peut donc choisir sa vitesse et le faire siffler dans le but d'écarter les éventuels animaux sur le passage. Le train possède également un canon au modèle du bateau de Phantom Hourglass , il permet d'attaquer les ennemis qui viendraient gêner votre progression. On note tout de même que les trajets sont désormais limités aux rails, ce qui réduit considérablement la liberté de mouvement du joueur lors de ces séquences de gameplay. C'est d'ailleurs la première fois dans un Zelda qu'il est strictement impossible d'explorer les environs librement.